В процессе создания находится программа научно-исследовательской деятельности Министерства окружающей среды до 2020 года, которая согласована со Стратегией развития научно-исследовательской и инновационной деятельности Эстонии (TAI) «Teadmistepõhine Eesti 2014-2020»
Стратегией TAI определены основные направления и цели в науке, развитии и инновации в государстве и названы рассматриваемые в качестве приоритетов развития те области роста, которые связаны с разумной специализацией (Smart Specialisation). Для проведения в жизнь разумной специализации создае(ю)тся государственная(ые) программа(ы). Более точные цели, направления и бюджетные объемы будут определены другими планами или программами развития. Программой установлены важные для государства научно-исследовательские темы, возможные источники, схемы и объемы их финансирования.
При организации научно-исследовательской деятельности Министерство окружающей среды сотрудничает с Министерством образования и науки, Эстонским консультативным советом по науке, а также научными учреждениями. С университетами Эстонии заключаются меморандумы о сотрудничестве, целью которых является согласование совместной работы. Например, совместно организуются студенческие семинары, где студенты могут узнать каковы интересы и сферы деятельности Министерства окружающей среды, и получают со своей стороны возможность представить свои исследовательские работы, которые могли бы представить интерес для министерства.
- Министерство окружающей среды отвечает за координацию научно-исследовательской деятельности в своей области, разработку научно-исследовательских программ, а также организацию их выполнения и финансирование.
- Министерство образования и науки отвечает за планирование и финансирование общей научно-исследовательской деятельности, но программы, касающиеся различных областей деятельности, их разработка и координирование их выполнение передано различным министерствам, которые в сотрудничестве с экспертами в своей области и учеными должны отвечать за установку государственных приоритетов и их выполнение.
Совместные инициативы программирования науки
Министерство окружающей среды присоединилось к трем добровольным программам Европейского исследовательского пространства (European Research Area, ERA) для совместного научного моделирования, т.н. совместной инициативы (joint programming initiative т.е. JPI).Основной ролью совместной инициативы является формирование научной политики государств-членов в вопросах, представляющих общий интерес, а также консультирование Европейской Комиссии и других, финансирующих науку и применяющих научные результаты институций вне Европейского Союза. Согласование научных исследований и сотрудничеством предотвращаются ситуации, когда государствами дублируются исследования. Совместные инициативы становятся важной политической силой, которая вероятно в будущем в значительной мере будет формировать тематику научных исследований в соответствующей области и организовывать использование соответствующих денежных средств.
Министерство окружающей среды присоединилось к совместным инициативам в области Воды, Климата и Океана, что предоставляет ученым Эстонии возможность принимать участие в решении международных научных проблем, имеющих большое социальное значение.
Совместная инициатива Океан
Эстония присоединилась к совместной инициативе Океан осенью 2013 года, Через участие в этой инициативе Эстония получает значительно лучший, чем раньше доступ к формированию морской политики Европейского Союза и океанологии, и это как на уровне Балтийского моря, так и в вопросах, затрагивающих интересы Эстонии в других морях.
Совместное начинание Климат
Целью совместной инициативы Климат является увеличение связи между исследованиями изменения климата и принятием социальных решений. Например, упор делается на составление достоверных прогнозов и навыкам приспособления к изменению климата.
Совместная инициатива Вода
Совместная инициатива Вода сосредоточена на обеспечении нормального круговорота воды, развитию безопасных водных систем, защиту экологических систем, способствованию конкуренции в водном хозяйстве экономии воды в производстве.