Looduskaitse üheks väga oluliseks osaks on liigikaitse, mis põhineb peamiselt Looduskaitse seadusel (RT I 2004, 38, 258). Looduskaitseseadus hakkas kehtima 10. mail 2004. a ja koondab endas sätteid kolmest varem iseseisvana toiminud seadusest: „Kaitstavate loodusobjektide seadus“ (KLOS), „Loomastiku kaitse ja kasutamise seadus“ ning “Ranna ja kalda kaitse seadus”.
Eestis on kaitse alla võetud 570 taime-, seene- ja loomaliiki. Kaitsealused liigid jagunevad 3 kaitsekategooriasse (vt allpool). I ja II kategooria liigid võtab kaitse alla Vabariigi Valitsus määrusega, III kategooria liigid aga keskkonnaminister määrusega.
Looduskaitseseaduse alusel on Vabariigi Valitsuse määrusega kehtestatud kaitsealuste liikide isendite ebaseaduslikul hävitamisel, elujõuetuseni vigastamisel või ebaseaduslikul loodusest eemaldamisel keskkonnale tekitatud kahju määrad, mis võivad ulatuda sadadesse eurodesse.
Seoses liigikaitsega on Looduskaitseseaduses kasutusele võetud uus kaitstava loodusobjekti mõiste püsielupaik.
Püsielupaik on Looduskaitseseaduse tähenduses kaitsealuse looma sigimisala või koondumispaik (näiteks rände ajal), kaitsealuse taime või seene looduslik kasvukoht või lõhe ja jõesilmu kudemispaik. Lõhe ja jõesilm on seaduses eraldi välja toodud seetõttu, et need liigid ei ole Eestis kaitse alla võetud kuid on kantud EÜ Loodusdirektiivi lisadesse, mistõttu tuleb nende liikide olulised kudemispaigad kaitse alla võtta, kuid samal ajal võib väljaspool nende liikide kaitseks piiritletud alasid lõhe ja jõesilmu kutselist kalapüüki jätkata.
Püsielupaigad võtab kaitse alla keskkonnaminister määrusega. Määrusega kinnitatakse püsielupaikade piirid ning kaitsekord, mis üldjuhul on võrdsustatud kaitseala piirangu- või sihtkaitsevööndi kaitsekorraga, kuid mis on siiski iga liigi elupaiganõudlustest tulenevalt pisut erinev. Nii on näiteks metsise püsielupaigas kehtestatud piirangud metsa majandamisele, naaritsa püsielupaigas veekogu kallaste kahjustamisele, nahkhiirte püsielupaigas vanade puude langetamisele, harivesiliku püsielupaigas aga väikeveekogude kaladega asustamisele.
Nendes II ja III kaitsekategooria liikide elupaikades, mis pole kaitsealade, hoiualade või püsielupaikadena piiritletud, kehtib isendi kaitse. See tähendab, et kaitsealuste liikide isendeid ei tohi tahtlikult surmata, püüda ega tahtlikult häirida paljunemise, poegade kasvatamise, talvitumise või rände ajal, ilma keskkonnaministri loata loodusest eemaldada (on lubatud vigastuse ravimiseks), müüa ega tulu saamise eesmärgil kasutada.
Kuigi üldjuhul on kaitsealuste liikide isendite surmamine keelatud, võib seda siiski mõningatel erandjuhtudel lubada. Nii on keskkonnaministri antud loa alusel (välja arvatud 1. juhul) lubatud II ja III kaitsekategooria loomaliigi isendi surmamine juhul:
- kui kui loom ohustab otseselt inimese elu või tervist ja rünnakut ei ole võimalik teisiti vältida või tõrjuda (looma surmamisest tuleb ühe tööpäeva jooksul kirjalikult teatada Keskkonnaameti kohalikule kontorile);
- elanikkonna ohutuse huvides;
- lennuohutuse huvides;
- kui see on vajalik oluliste põllumajanduskultuuride või põllumajandusloomade, kalanduse või muu olulise vara kahjustamise vältimiseks.
Lisaks kaitsealustele liikidele reguleerib Looduskaitseseadus ka võõrliikidega seonduvat ning kodumaiste liikide ümberasustamist ning loodusest eemaldamist.
Kaitsealuse liigi seisundi parandamiseks, liigi säilimiseks vajalike tegevuste kavandamiseks ja eelisjärjestamiseks koostatakse tegevuskava liigi kaitse korraldamiseks.
Looduskaitseseadus näeb ette liigi tegevuskavade koostamist:
- I kaitsekategooria liikidele;
- kaitsealustele liikidele nende soodsa seisundi tagamiseks, kui senirakendatud abinõud seda ei taga või kui seda nõuab rahvusvaheline kohustus;
- liigi ohjamiseks, kui teadusinventuuri tulemused näitavad liigi arvukuse suurenemisest tingitud olulist kahju keskkonnale.
Tegevuskavad kiidab pärast valmimist heaks liikide tegevuskavade komisjon ning kava kinnitab Keskkonnaamet. Tegevuskava avalikustatakse Keskkonnaministeeriumi veebilehel.
Liigikaitse kategooriad
I kategooria
I kategooriasse kuuluvad enamasti vähenenud arvukuse ning kriitilise piirini rikutud elupaikadega, suures hävimisohus olevad liigid, kelle edasine säilimine Eesti looduses ohutegurite toime jätkumisel on kaheldav. Pisilina Radiola linoides, nõtke näkirohi Najas flexilis, lääne-sõrmkäpp Dactylorhiza praetermissa, Ruthe sõrmkäpp Dactylorhiza ruthei on taimeliigid, mis esinevad meil teadaolevalt vaid ühe väikese lokaalpopulatsioonina.
II kategooria
II kategooriasse kuuluvad väga piiratud alal või vähestes elupaikades esinevad liigid, kelle arvukus langeb ning levila aheneb.
II kaitsekategooria liikide vähemalt 50% teadaolevatest ja keskkonnaregistrisse kantud elupaikadest võetakse kaitse alla.
III kategooria
III kategooria liigid on praegu veel suhteliselt tavalised, kuid ohutegurite toime jätkumisel võib nende arvukus kriitiliselt langeda. Siia kuulub 237 liiki.
