Keskkonnaministeeriumi hinnangul on Eestis Natura 2000 võrgustiku moodustamine ja nende alade kaitse korraldamine olnud tulemuslik – koos erialateadlastega on tehtud suur töö, tagamaks vääruslike elupaikade soodne seisund kogu riigis. Kuid palju tööd seisab veel ees. Natura 2000 loodusalade valik toimus Eestis aastatel 2001–2003. Seejuures lähtus Eesti Euroopa Liidu loodusdirektiivis sätestatud kriteeriumitest, mis olid kõikidele liikmesriikidele ühtsed. Alade valikuks toimusid ulatuslikud inventuurid, millesse Keskkonnaministeerium kaasas oma ala parimad eksperdid Tartu Ülikoolist, TPÜ Ökoloogia Instituudist, Eesti Mereinstituudist, Eesti Ornitoloogiaühingust, Pärandkoosluste Kaitse Ühingust, Eesti Loodushoiukeskusest ja paljudest teistest teadusasutustest ja looduskaitseorganisatsioonidest. (Vt Eesti olulisemad loodusväärtused asuvad Natura aladel) Euroopa Komisjon kinnitas Natura 2000 võrgustikku kuuluvate riikide (sh Eesti) alade nimekirja 2007. aasta 12. novembril, andes seega heakskiitva hinnangu Eesti esitatud aladel esinevatele väärtustele. Natura 2000 võrgustikku valiti juba aastakümneid kaitse all olnud loodusväärtustega alasid ning lisati ka täiesti uusi. Natura võrgustiku moodustamise raames võeti meil kaitse alla 64 uut kaitseala ja 343 hoiuala. Lisaks laiendati 115 olemasolevat kaitseala. Võrreldes teiste lähiriikidega on Eestis Natura 2000 alasid suhteliselt rohkem – meil on Natura 2000 loodusaladega kaetud 16,5% maismaast, Rootsis 13,7%, Soomes 12,7%, Lätis 11% ja Leedus 9,9% maismaast. Euroopa Liit annab aastal 2013 hinnangu liikmesriikide pingutustele elupaikade ja liikide soodsa seisundi tagamisel üle-euroopalist kaitset vajavatel aladel. Seega – Natura 2000 näol on tegemist pikaajalise tööga, mille käigus kindlasti parandatakse ka ilmnenud ebatäpsused. EL käivitatud Natura 2000 nimelise kaitselade võrgustiku üheks eesmärgiks on üle-euroopalise tähtsusega looduslike elupaikade soodsa looduskaitselise seisundi säilitamine ja taastamine nende looduslikul levikualal. EL-iga liitumisel võttis Eesti nagu teisedki kohustuse see eesmärk saavutada. Eestil on pikaajaline tulemuslik kogemus looduse kaitsmisel, mis on taganud senise suure mitmekesisuse säilimise. Meie looduskaitsjate tööd on tunnustatud nii Euroopas kui ka kogu maailmas, nende teadmisi ja kogemusi on kasutanud ja kasutavad teised riigid (nt praegu Gruusia) oma looduskaitsesüsteemide ülesehitamisel. Tunnustust väärib ka riigiametite, liigiekspertide ja valitsusväliste organisatsioonide koostöö meie loodusväärtuste säilitamisel. Vaata lähemalt:
Keskkonnaministeerium ei nõustu suure osa Riigikontrolli auditi järeldustega Vt Riigikontroll auditeeris Keskkonnaministeeriumi tegevust seoses Natura 2000 võrgustiku moodustamise ja nende alade kaitse korraldamisega. Samuti hinnati auditi käigus, kas riigil on ülevaade Natura võrgustiku moodustamisega võetud rahalistest kohustustest. Riigikontrolli fookuses olid metsa-elupaigad, sest majandamistegevuse tõttu võidakse neid lühikese aja jooksul suures ulatuses pöördumatult kahjustada. Riigikontroll nentis, Keskkonnaministeeriumi tegevus Natura 2000 võrgustiku moodustamisel ja kaitsmisel on olnud puudulik. Keskkonnaministeerium hinnangul sisaldab Riigikontrolli aruanne faktivigu ja ebatäpsusi, hoolimata sellest, et auditi koostamise ajal juhtis ministeerium sellele Riigikontrolli tähelepanu. Vt |